Windows ME je nadgradnja na Windows 9x in večina programske opreme za Windows 95 in Windows 98 bo delala z Windows ME. Pravimo »večina«, ker programska oprema, kot je protivirusni program ali katerikoli drug pripomoček, ki je namenjen za Windows 9x, ne bo deloval (ali dobro delal) v Windows ME. Struktura datotek in konfiguracijske datoteke so se v programu Windows ME rahlo spremenile. Vendar pa bodo igre, programi in druga programska oprema delovala v sistemu Windows ME. Če programska oprema ne deluje, mora imeti posodobitev, ki ji omogoča, da deluje.