Ob zagonu sistema Windows sta dva načina samodejnega zagona programov 3.11.

Najprej ustvarite ikono za začetek. Ali pa kopirajte ikono tistega, kar želite začeti, in jo postavite v zagonsko skupino v Upravitelju programa. Vse, kar je v zagonski skupini, se samodejno zažene ob vsakem zagonu sistema Windows.

Druga možnost je, da v MS-DOS s tipkanjem win dodate program, ki ga želite zagnati za ukazom. Na primer, tipkanje win notepad bi zagnal Windows in samodejno zagnal notepad.